Катакомбы Ком-эль-Шукафа восходят к концу первого столетия нашей эры. Они лежат на том месте, где находилась деревня и рыболовецкий порт, и являются крупнейшими известными римскими захоронениями в Египте.
Катакомбы, подземные гробницы; состояли из коридоров и камер (крипт) для погребения. Христианские катакомбы известны в окрестностях Рима, в Неаполе, на островах Сардиния и Сицилия (Италия), в Александрии (Египет), на Мальте, а также в других областях Средиземноморья - в Передней и Малой Азии, на Балканах.
Простейший тип погребального сооружения в катакомбах – локул, это прямоугольная ниша, вырубленная перпендикулярно стене коридора или склепа. После захоронения тела в одну из таких ниш вход в нее закладывали черепицей или плитами. Для идентификации погребенного на закрывающих могилу плитах вырезали или наносили краской надпись либо запечатывали могилу оттиском монеты или какого-нибудь другого мелкого предмета на скрепляющем плиты свежем растворе.
Особо впечатляют в Ком-эль-Шукафа трапезный зал «Триклиниум», использовавшийся родственниками умершего для проведения церемоний прощания, где были обнаружены многочисленные фрагменты посуды и остатки пищи, благодаря чему катакомбы получили арабское название Ком-эль-Шукафа, что значит «Курган осколков» (в соответствие с древними обычаями, забирать посуду после поминальных обрядов было не принято, поэтому её осколками были усыпаны полы всего некрополя).
Ученые полагают, что Катакомбы Ком-эль-Шукафа изначально предназначались одной богатой языческой семье, затем разрослись до сотни погребений и возможно даже использовались ранними христианами, вероятно, управлялись корпорацией, которой платили члены. Эта теория может объяснить, почему так много камер были высечены в скале. В своем заключительном этапе , комплекс содержится более ста локул.
Раскопки катакомб начались в 1900 году после того, как осёл, которые проходил по этой территории, провалился на нижний этаж, после чего в них проводились масштабные археологические раскопки, реставрационные работы и откачка воды с затопленных нижних ярусов. Лишь в 1995 году катакомбы были открыты для свободного посещения.
Эти гробницы представляют собой последнее крупное сооружение, связанное с древнеегипетской религии. Здесь египетские и эллинистические архитектурные и декоративные формы свободно сочетаются. Образуя своеобразный художественный «сплав». Это сказывается применении наряду с греческими египетских типов колонн, пилястр и капителей. Построение пространства катакомб следует традициям египетских скальных гробниц и храмов с их правильной симметрией и геометризмом, отделка же поверхности стен погребальных камер и переходов рельефами и живописью восходит к греческим эллинистическим принципам отделки интерьеров жилых домов и дворцовых сооружений (трехъярусное членение стен на цоколь, поле стены или пилястры, антаблемент и т. д.).
Катакомбы состоит из сооружения на земли, вероятно, служило погребальной часовни, далее спиральной лестнице и трех подземных уровней для погребальной ритуала и погребения. Под землей же находится совершенно другой мир. Винтовая лестница идет вниз по спирали вокруг центральной шахты, по которой опускали тела умерших. Она ведет к трем уровням гробниц, выдолбленных в твердой скале и предназначенных для погребения богатых и знатных горожан.
Первый уровень состоит из вестибюля с двойной Эксе́дра (полукруглая ниша для сиденья), Рото́нда (круглая постройка, обычно увенчанная куполом) и Триклиний (пиршественный зал).
Второй уровень, здесь в своем первоначальном состоянии, находится главная могила, с различных окружающих коридоров. Этот уровень был достигнут лестницей из Рото́нды.
Третий уровень погружен в грунтовой воде.